سنت اعتکاف در طول تاریخ کم و بیش در ایران اسلامی، برپا می شده ولی از پیشینه آن در ایران، قبل از دوران صفویه، چیز زیادی در دست نیست . آنچه به صورت مستند وجود دارد برپایی این سنت الهی در دوران صفویه می باشد که به همت بلند شیخ لطف الله میسی و شیخ بهائی، در دو پایتخت صفویه، یعنی قزوین و اصفهان صورت گرفته است.
شیخ لطف الله، هم عصر عالم بزرگ شیعی، شیخ بهائی است. او بسیار مرد توجه و عنایت شیخ بهائی بوده تا آنجا که شیخ، مردم را در پاره ای از مسائل شرعی به شیخ لطف الله ارجاع می داده. شاه عباس اول، مسجد شیخ لطف الله را در اصفهان به نام این عالم بزرگ و برای اقامه نماز توسط ایشان ساخت. شیخ لطف الله تا پایان عمر در کنار همان مسجد ساکن بود و در آن مسجد نماز جمعه را اقامه نمود. این عالم سخت کوش به برپایی سنت اعتکاف، اهتمامی ویژه داشت. چنان که بر اثر تلاشهای خستگی ناپذیر او اعتکاف سنتی رایج و زنده باشد . کتاب الرسالة الاعتکافیه از آثار اوست.
شیخ بهائی اهتمام ویژه ای به امر اعتکاف، در ایران داشت. او در کنار شیخ لطف الله به ترویج این سنت همت گمارد. شیخ لطف الله، درباره شیخ بهائی می گوید:
شیخ بهائی نیز در برپایی مراسم اعتکاف، نقش داشته است". شیخ لطف الله در پاسخ به شبهه ای که پیرامون خیمه زدن در مسجد برای اعتکاف، مطرح شده به روش شیخ بهائی، که برجسته ترین عالم آن زمان بوده استناد کرده و می گوید: "شیخ اجل اعظم اکرم، خاتمه المجتهدین، شیخ بهاء المله و الدین، در اصفهان و غیر اصفهان این کار را انجام داده است". شیخ بهائی خود از عالمان عامل و دلداده معنویت و معرفت بود و با شور و عشق به این سنت روی آورد و از خلوت اعتکاف بهره ها جست. شعر معروف "گه معتکف دیرم و گه ساکن مسجد" هم از اوست .
پس از آمدن آیت الله عبد الکریم حائری یزدی به شهر مقدس قم و تأسیس حوزه علمیه قم در جوار حرم مطهر حضرت معصومه علیه السلام ، سنت الهی اعتکاف، رنگ و بوی دیگری به خود گرفت. این سنت الهی که در طی چند قرن، بعد از دوران شیخ لطف الله و شیخ بهائی، نوساناتی به خود گرفته بود، تولدی جدید یافت، اما حکومت خشن رضاخانی را نیز در برابر خود داشت. پس مردانی استوار و پا برجا چون کوه می طلبید تا با این خشونتها، صحنه را ترک نکرده و کمر همت، در احیای سنت محمدی صلی الله علیه و آله وسلم ببندند.
عالم ربانی میرزا مهدی بروجردی در سده اخیر پایه گذار این سنت حسنه در شهر قم بود. رفته رفته این سنت محمدی صلی الله علیه و آله وسلم به دیگر شهرهای ایران سرایت کرد. او از ملازمان و کارپردازان و مشاوران آیت الله شیخ عبدالکریم حائری یزدی بود. وی به علت ایجاد جو خفقان رضاخانی به تنهایی در مسجد امام حسن عسکری علیه السلام معتکف می شد و هیچ کس همراه او نبود. بعدها یکی دیگر از علما به او ملحق شد و پس از چندی، پای دیگران نیز به این سنت کشیده شد. به حدی که آیت الله بروجردی درسهایی حوزه علمیه را جهت شرکت طلاب در مراسم اعتکاف، تعطیل کردند.
بعد از پیروزی انقلاب اسلامی برپایی مناسک الهی و سنن محمدی با شور و هیجان بیشتری پیگیری شد. نمازهای جماعت، محافل قرآنی، نماز جمعه و اعتکاف از این نمونه هاست. در بسیاری از شهرهای ایران در روزهای سیزدهم و چهاردهم و پانزدهم ماه پرفیض رجب، مراسم اعتکاف در مساجد جامع شهرها برپا می شود. در این سه روز خیل عظیم انسانها دست از فعالیتهای روزمرده شسته و خانه خدا را، منزلگاه خود قرار می دهند تا شاید از این رهگذر، به قرب الهی نایل آیند.