در سال 1323ق در زمان حکومت عزيزالله ميرزا ظفرالسلطنه بر کرمان شورشي به وقوع پيوست که از جمله جرقههاي اوليه انقلاب مشروطه به شمار ميآيد. اعتراض به حوادث کرمان زمينه مناسبي براي اتحاد روحانيون تهران فراهم آورد که از آن در جهت تعميق مبارزه با عينالدوله بهره جستند. ريشههاي اين شورش را بايد در دوره حکومت علينقي ميرزا رکنالدوله بر کرمان جست و جو کرد.
رکنالدوله در سال 1322ق به حکومت کرمان منصوب شد و از همان ابتدا مردم با حکومت او به مخالفت برخاستند. علت اصلي نارضايتي مردم اين بود که رکنالدوله کارهاي مهم شهر را به خوانين ابراهيميه سپرد و موجب قدرت گيري شيخيه شد. او اميرالامرا را براي وصول مالياتها و مختارالملک را به سمت کلانتر کرمان تعيين کرد، هر دوي آنها از ابراهيميه بودند.
انتصاب اين افراد خشم وکيليها را برانگيخت. ابراهيميان از بازماندگان ابراهيم خان ظهيرالدوله پسرعموي فتحعلي شاه و پدر حاج کريم خان کرماني بنيانگذار شيخي هاي کريم خاني کرمان بودند، که سالها بر کرمان حکومت کردند و صاحب قدرت و ثروت و نفوذ فراواني در منطقه بوده اند. وکيليها نيز از نوادگان ميرزا محمداسماعيل خان نوري وکيلالملک بودند که او نيز براي مدتي حکومت کرمان را در اختيار داشت. وکيليها و ابراهيميها دو خاندان متنفذ کرمان بودند که رقيب يکديگر به حساب ميآمدند بنابراين اقدام رکنالدوله در تفويض کامل قدرت به يکي از اين دو خانواده موجب نارضايي خانواده ديگر شد.
خوانين وکيلي از جمله عدلالسلطنه که سالها نايبالحکومه، رئيس نظام و سرتيپ توپخانه بود با همدستي موثقالدوله و با حمايت و همراهي سادات ميرزا حسين خاني به دسيسه چيني براي حکومت رکنالدوله پرداختند. امانالله شهابالممالک نايبالحکومه کرمان هم که به دليل رياست اميرالامرا معزول شده بود در جناح مخالفان قرار داشت و هر روز به تهران تلگراف زده از اوضاع نابسامان کرمان شکايت ميکرد. آيتالله سيد محمد طباطبايي شکايات واصله از کرمان را توسط عزيزالله ميرزا ظفرالسلطنه که پيش از رکنالدوله حاکم کرمان بود نزد محمدعلي ميرزا وليعهد فرستاد که در مدت سفر مظفرالدين شاه به فرنگ اداره مملکت به عهده او بود در نتيجه اين شکايات، رکنالدوله ناچار اميرالامرا را عزل و نايب الايالگي کرمان را به عينالملک برادر خود واگذار کرد اما او هم دو سه روزي بيشتر بر اين مسند دوام نياورد و استعفا داد. قرار شد مجلسي مرکب از عدلالسلطنه (از وکيليها)، اميرالامرا (از ابراهيميه) و دو سه نفر ديگر تشکيل و اداره امور کرمان به آنها واگذار شود، اما اين تدبير هم سودي نبخشيد.
در اين زمان شخصي به نام شيخ بحريني که واعظي توانمند بود، وارد کرمان شد و در منابر به بدگويي از شيخيه پرداخت. وکيلي ها هم از او حمايت کردند. چون سخنان او ايجاد آشوب مي کرد رکنالدوله دستور تبعيد او را صادر کرد. شيخ بحريني را شبانه دستگير کردند و به راورد در نزديکي کرمان فرستادند. با انتشار خبر تبعيد او مردم کرمان برآشفتند و حکومت را مجبور کردند شيخ را بازگرداند واين چنين بر اعتبار شيخ بحريني نيز افزوده شد. در همين هنگام حاج ميرزا محمدرضا فرزند آيتالله حاج ابوجعفر و نواده آيتالله حاج آقا احمد پس از چهارده سال تحصيل در اصفهان و عتبات به کرمان بازگشت. پدر و جد او نزديک به يک قرن مرجع تقليد مردم کرمان بودند. او نيز در نجف از شاگردان آيتالله ملا محمدکاظم خراساني و آيتالله سيد محمدکاظم طباطبايي بود و حدود ده مجوز اجتهاد از سوي مراجع عظام معتبر آن روزگار در مورد او صادر شده بود. در بازگشت به کرمان استقبال شاياني از او به عمل آمد. سالخوردگان و جوانان و زنان به استقبالش شتافتند و چند روز دکان هاي شهر بسته بود و مردم به زيارت حاج محمدرضا مجتهد ميرفتند. ورود او با اوج گيري درگيري هاي متشرعه و شيخيه همزمان بود.
حمايت آيتالله حاج محمدرضا از متشرعه و عزل اميرالامر بر قدرت متشرعه افزود. حاج شيخ محمدرضا از موقعيت استفاده کرد و امامت مسجد مدرسه محمد ابراهيم خاني در بازار قيصريه را که داراي موقوفه بود و سالها در اختيار شيخيه قرار داشت به پسرعمه اش آقاي شيخ محمدصادق واگذار کرد، اما شيخيها حاضر نشدند به سادگي مسجد را به شيخ محمدصادق واگذار کنند. ميان شيخيه و متشرعه بر سر اين مسجد درگيري روي داد و فراشان حکومتي ناچار به مداخله شدند و مردم فرار کردند، در اين حين به منزل حاج محمد خان مقتداي شيخيان رسيدند و مستحفظين او گمان کردند مردم قصد حمله به خانه را دارند. از اين رو به سوي مردم تيراندازي کردند. چهل نفر دراين درگيري به قتل رسيدند.
خبر وقايع کرمان در اروپا به مظفرالدين شاه رسيد و دستور عزل رکنالدوله را صادر کرد. ظفرالسلطنه که پيش از رکنالدوله حاکم کرمان بود، دوباره به حکومت آنجا منصوب شد. ظفرالسلطنه يک روز قبل از عزيمت به کرمان نزد آيتالله سيد محمد طباطبايي رفت و آيتالله سيد محمد طباطبايي به او يادآور شد که؛ براي خدمت به ملت با هم عهد بسته اند، بنابراين در حکومت کرمان راه عدل و انصاف پيش گيرد و با علماي آنجا خصوصا حاج محمدرضا به طريق دوستي رفتار کند. ظفرالسلطنه با موافقت علماي تهران و رضايت مردم کرمان که از حکومت پيشين او خاطرهاي خوش داشتند در اواخر رجب 1323ق وارد کرمان شد.
ظفرالسلطنه از ابتداي ورودش شيخيه را از کارها برکنار و وکيليها را جايگزين آنها کرد. مختارالملک را از کلانتري عزل کرد و عدلالسلطنه را به جاي او نشاند و براي حکومت شهرهاي کرمان از وکيلي ها استفاده کرد. حکومت رودبار را به رستم خان، جيرفت و جبال بارز را به علي خان محتشمالدوله و سيرجان را به علي خان داد، که هر سه از اولاد وکيلالملک بودند. نيابت ايالت و رياست عدالتخانه را هم به فرزند خود حشمتالسلطان تفويض کرد. ظفرالسلطنه در اولين ملاقات با علماي کرمان اعلام کرد که اگر خلاف قاعده از رعيت سر زد مورد مؤاخذه سخت خواهند شد. "من همه جور مأموريت درباره اهل کرمان دارم، از کشتن، از بستن و زنجير کردن و اخراج بلد نمودن، همه اينها را مأمورم."
آيتالله حاج شيخ محمدرضا مجتهد نيز به صراحت در مقابل تهديدهاي ظفرالسلطنه اعلام موضع کرد و گفت: "بنده نه مالي دارم که از جهت مالم بترسم از دولت نه ملکي دارم، نه خانه اي، امروز نه کاري دست کسي دارم، نه از کسي پروا دارم. عبث نه مرا از شاه بترسانيد نه از حاکم، بنده از اين قجروها نميترسم."
در اين ميان واقعهاي روي داد که منجر به رويارويي ظفرالسلطنه و آيتالله حاج شيخ محمدرضا شد. عدهاي به محله يهوديان حمله کردند و خم هاي شراب آنها را شکستند و اعلام کردند که به حکم حاج شيخ محمدرضا مجتهد اين کار را کرده ايم. ظفرالسلطنه براي مذاکره درباره اين حکم، عدلالسلطنه و معتضد ديوان را به نزد آيتالله شيخ محمدرضا مجتهد فرستاد، اما نتيجهاي حاصل نشد. دو روز بعد آيتالله شيخ محمدرضا مجتهد تصميم گرفت کرمان را به قصد مشهد ترک کند. ولي حدود ده هزار نفر از مردم کرمان جمع شده و مانع خروج ايشان از شهر شدند. عده اي از جمله برادران رکنالدوله نزد ظفرالسلطنه چنين وانمود کردند که مردم عليه حکومت شوريده اند و رهبر آنها نيز حاج شيخ محمدرضا مجتهد است. ظفرالسلطنه ابتدا سعي کرد شورش مردم را با مذاکره خاتمه دهد اما نماينده او که براي مذاکره اعزام شده بود نتوانست در انجام مأموريتش موفقيت کسب کند. ظفرالسلطنه به عينالملک و عدلالدوله برادران رکن الدوله اختيار تام داد تا شورش را فرو نشانند. آنها نيز بي محابا به مردم تاختند و آيتالله شيخ محمدرضا مجتهد و پسرعمه او شيخ محمد صادق و چند تن از ياران نزديک آيتالله را دستگير کردند و با وضعي موهن به ارگ دولت بردند و در آنجا آنها را به چوب بستند تا شلاق بزنند، اما چند ضربه بيشتر نزده بودند که با مداخله سران سپاه از اين کار منصرف شدند. سپس آيتالله حاج محمدرضا و پسرعمه اش را به بم تبعيد کردند.
با انتشار خبر دستگيري آنها علماي کرمان خصوصا دو عموي آيتالله خود را به ظفرالسلطنه رساندند و شرح ماوقع را دادند. ظفرالسلطنه اظهار ندامت کرد و برادران رکنالدوله را مقصر اين قضيه دانست و دستور داد که آيتالله را به کرمان بازگردانند. از فرداي ان روز شهر کرمان دچار آشوب شديدي شد. هيچ يک از علما به منبر و مسجد نرفتند بجز حاج محمدخان مقتداي شيخيه که او هم بر اثر فشار مردم ناچار شد شهر را ترک کند. انعکاس خبر چوب خوردن آيتالله حاج محمدرضا مجتهد در تهران موجب خشم علماي تهران شد. آيتالله طباطبايي و آيتالله بهبهاني با هم عهد بستند که در مقابل چنين توهيني بايستند آيتالله شيخ فضلالله نوري هم وعده داد که دراين باره با عينالدوله مذاکره کند.
در تمام ماه رمضان علماي تهران در مساجد درباره واقعه کرمان صحبت کردند و دولت را براي عزل ظفرالسلطنه در فشار قرار دادند. در کرمان مردم اواخر ماه رمضان به خانه ظفرالسلطنه حمله کردند و قصد کشتن او را داشتند که فرار کرد در نتيجه مساعي علماي تهران عينالدوله، دستور عزل ظفرالسلطنه را صادر کرد و از آيت الله حاج شيخ محمدرضا مجتهد تقاضا کرد به کرمان بازگردد، اما او راهي مشهد شد و در آنجا مردم استقبال بي نظيري از او به عمل آوردند.
واقعه کرمان فرصتي بود براي علماي تهران تا نوک تيز حملاتشان را متوجه عينالدوله کرده و از او به دليل انتصاب حکام ظالم انتقاد کنند. اعضاي انجمن هاي مخفي نيز در رساندن اخبار کرمان وايجاد ارتباط منظم ميان علماي تهران فعال عمل کردند. عزل ظفرالسلطنه نشان داد که با اتحاد و پيگيري ميتوان عينالدوله را وادار به عقب نشيني کرد و در نتيجه پيروزي مهمي براي علماي تهران به حساب آمد.