آیةالله جعفری اراکی همچنین به ذکر خاطره ای پرداخت که نشانگر علاقه ی شدید حضرت امام خمینی (رحمة الله علیه) به حضرت آیةالله خویی (رحمة الله علیه) است.
حقیر قبلا نیز با ایشان در مورد آیت الله خویی (رحمة الله علیه) صحبت کرده بودم و ایشان با اشاره به صحبت های قبلی خود مبنی بر اینکه من می دانم در مورد ایشان شبهاتی از طرف مخالفین انقلاب مطرح شده است، فرمودند: «آن اوایل که به ایران بازگشته بودم یکی از سران اطلاعات برای دیدن ما آمد و من خاطره ای برای ایشان نقل کردم. گفتم وقتی به ایران باز گشتم از دفتر امام پیش ما آمدند و گفتند میل دارید امام را ببینید؟ و من که مدت (حدود) 8 سال بود که ایشان را ندیده بودم خدمت ایشان رسیدم و جالب این بود که من خیلی راحت بدون بازرسی بدنی پیش امام رفتم.
در آن جلسه صحبت های مفصلی شد و از جمله چون در وقت مراجعت، آقای خویی که می دانست من در ایران خدمت امام خواهم رسیدم به من گفته بودند که حال ما (فشار های صدام بر ما) را برای آقای خمینی باز گو کن، من هم برای امام از اوضاع آقای خویی گزارش دادم. من نمی دانستم که نباید خیلی امام را ناراحت کرد و لذا خیلی راحت مسائل را مطرح کردم و امام ناراحت شدند. وقتی از پیش امام بیرون آمدم در همان حیاط منزل امام به من اعتراض شد که چرا شما با حرف هایتان امام را ناراحت کردید؟
خلاصه چندی بعد آقای مهدوی کنی در مدرسه ی مروی مرا دید و به من گفت که امام خیلی ناراحت است و ضمنا آقای سید محمد صادق لواسانی هم به من گفت که پیش امام بودم، امام خیلی ناراحت بودند و من دستی به پشت و سر امام زدم و گفتم: چیه پیر مرد؟ چرا این قدر ناراحتی؟ کشتی هات غرق شده؟ امام در جواب آسید محمد صادق فرمودند که چند روز پیش یکی از دوستان از نجف آمده بود و از وضع بد آقای خویی گفت.
آسید محمد صادق گفت: من همان جا فهمیدم که منظور امام کسی جز شما نیست. پس از نقل این خاطره برای آن فرد اطلاعاتی او منقلب شد و از من تشکر کرد. چرا که خودش می گفت من تا قبل از این هر روز تسبیح به دست می گرفتم و 100 بار می گفتم اللهم العن ابوالقاسم خویی!!»
این ماجرا نشان می دهد که چه قدر بر ضد آقای خویی و اینکه ایشان با امام و انقلاب بد است، شایعه بوده (و البته الان هم هست) و این شایعات هیچ اساسی ندارد.
لازم به ذکر است آیةالله جعفری اراکی در دهه ی 60 تحت فشار های رژیم «صدام» از عراق گریخت و به ایران مراجعت نمودند. ایشان الان از استوانه های حوزه ی علمیه ی تهران است و در مدرسه ی مروی به تدریس درس خارج فقه مشغول هستند.
ایشان ضمن اینکه مجتهد هستند محضر شاگردان عارف ربانی آیةالله سید علی قاضی (رحمة الله علیه) را نیز درک کردند. در متن فوق از آسید محمد صادق لواسانی (رحمة الله علیه) نیز نام برده شد که خاطر نشان می شود که ایشان از دوستان امام بودند و کسی بودند که آن قدر به امام نزدیک بودند که با امام شوخی می کردند و همیشه بدون تفتیش خدمت امام می رسیدند.