حجةالإسلام و المسلمین فاکر پیش از پیروزی انقلاب چهار بار دستگیر شد؛ اولین آن در 17 سالگی بود. تکثیر اعلامیههای امام خمینی در حجرهٔ اش موجب شد اولین بار در جوانی طعم زندان را بچشد. دومین بار در ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ بازداشت شد این بار اما در زندان با رهبر معظم انقلاب حضرت آیةالله خامنه ای آشنا شد. پس از آن برای بار سوم 11 سال بعد در۱۳۵۳ بازداشت و زندانی شد. دو سال بعد از آن هم در سال 1355 به دلیل سخنرانی بر ضد شاه در نهاوند دستگیر شد.
حضرات آیات ادیب نیشابوری، مدرس یزدی، صلواتی، دوزدوزانی، خزعلی، فاضل لنکرانی، نوری همدانی، سلطانی طباطبایی، گلپایگانی، وحید خراسانی و آیةالله مشکینی اساتیدی بودند که او در طی سالهای تحصیل دروس حوزوی در محضر آنها تلمذ کرد.
پس از انقلاب محمدرضا فاکر برای مدتی نمایندگی امام خمینی (ره) در سپاه پاسداران انقلاب اسلامی را عهدهدارشد. او پس از این مدت به کار تدریس مشغول بود و بعدا از آن وارد مجلس شد. او بر پایه نامه ای که امام درباره شخصیت او نگاشته بود،اعتماد مردم را جلب کرد و راهی مجلس پنجم شد. ویژگی مهم در کارنامه نمایندگی او آن است که همیشه به عنوان نماینده «اول» از مشهد انتخاب می شد. او در مجلس پنجم با 793 هزار و 273 رأی نماینده اول مشهد شد. در دوره ششم بخت با او یار نبود و به دلیل غلبه فضای اصلاح طلبی او نفر ششم در مشهد شد و از راهیابی به مجلس باز ماند. اما 4سال بعد از آن تاریخ در انتخابات مجلس هفتم با 744 هزار و 310 رأی به عنوان نفر اول از حوزه انتخابیه مشهد و کلات راهی پارلمان شد. اتفاقی که در مجلس هشتم هم تکرار شد و او علی رغم بیماری و توصیه دوستانش به انصراف در مساجد شهر مشهد حاضر می شد، آن گونه که در یکی از این جلسات او قسم جلاله خورده بود که بر اساس« تکلیف» کاندیدا شده است.
فاکر از مجلس هفتم رئیس ناگفته ترین کمیسیون مجلس - فراکسیون اصل نود - شد و حتی به عدد انگشتان دست از او به عنوان رئیس کمیسیون خبر منتشر نشد. به همین دلیل بود که در مجلس هشتم هم خیلی درباره رئیس کمیسیون اختلاف نظر نبود تا جایی که حجةالإسلام حسین اسلامی، نایب رییس کمیسیون اصل نود مجلس هشتم در گفت و گویی فاکر را «بهترین» گزینهای دانست که در بین اعضای ثابت داوطلب است و میتواند ریاست کمیسیون اصل 90 را برعهده بگیرد و گفت که ما در داخل کمیسیون به این مساله رأی دادیم که ایشان رئیس کمیسیون باشد.
اما مهمترین تفاوت او از مجلس هفتم آغاز شد که اصولا دیگر رابطه ای با رسانه ها نداشت و در مجامع عمومی نیز حاضر نمی شد. حتی وقتی از مشهد او را به جلسه یا همایشی دعوت می کردند نمی پذیرفت. بر همین مبنا مردم مشهد کمتر به یاد می آورند که او برای سرکشی به حوزه انتخابیه خود آمده باشد.
منزل شخصی فاکر در قم بود و مشکلات گوارشی او نیز مزیت بر علت شده بود تا او کمتر در مجامع حاضر می شود.اما همه ماجرا به این موضوع بر نمی گشت.
فاکر در مجلس پنجم در دوره ای که نماینده مجلس بود در نطقی نسبت به رفتار زائران ایرانی در مراسم حج اعتراض می کند، انتقادی که در آن زمان بر تافته نشد و سیل انتقادات را به سوی او روان کرد و همین مساله موجب شد او دیگر حاضر به سخنرانی نشود و تنها ریاست کمیسیون اصل نود اکتفا کند تا به گفته خودش «عدالت» اجرا کند.
مرگ او موجب می شود حرف های ناگفته زیادی «نگفته» باقی بماند؛ پرونده های متعددی که رئیس کمیسیون اصل نود مجلس شورای اسلامی و نماینده مردم مشهد در مجلس شورای اسلامی و مجلس خبرگان رهبری در این سالها به زیر دست اش رفت. رئیس بعدی کمیسیون اصل نود باید حرفهای زیادی داشته باشد.