آیةالله محسن ملایری نقل کرده که پدرم فرمودند: یک روز مرحوم سید یزدی در حرم حضرت علی علیه السلام دعای سمات می خواند، ناگاه یکی از روحانیان مشروطه طلب که سیگار می کشید (اسمش را نمی خواهم بگویم)، رفت و سیگارش را گذاشت پشت گردن آقا سید محمد کاظم یزدی. او گردنش سوخت و یک نگاهی کرد و هیچ نگفت. بعدها همان شخص دستش قانقاریا پیدا کرد و دستش قطع شد.
در موارد زیادی نقل شده که مشروطه طلبان حضوراً به ایشان اسائه ادب نموده و سعی می کردند با زخم زبان و دادن نسبت های ناروا، سید را وادار به عکس العمل کنند؛ ولی ایشان در تمام این موارد، خونسردی خود را حفظ نموده و از خود سعه صدر نشان می داد.