به دنبال موضع گیری صریح سید، مشروطه خواهان تندرو تصمیم به تهدید و ارعاب ایشان می گیرند. در پی این تصمیم اطلاعیه ای دال بر ترور سید که بر روی آن تصویر دو عدد ششلول کشیده بودند به در و دیوار حرم مقدس چسبانیدند.
نقل شده که روزی یکی از اهالی یزد به بهانه پرسشی خدمت سیّد یزدی رسید و به محض حضور، نامه ای دالّ بر تأیید مشروطه جلوی آقا نهاده و با تهدید اسلحه خواستار امضای آن شد. سید سینه را سپر کرده و گفت:
من سال هاست آماده شهادتم.